南岸区疾病预防控制中心于2002年正式挂牌成立，其前身为南岸区卫生防疫站，始建于1958年；2023年中心顺利通过全市首批三级甲等疾控机构评审；2024年区卫生健康综合行政执法支队与区疾病预防控制中心整合，重新组建区疾病预防控制中心（以下简称“中心”），加挂区卫生监督所牌子，是南岸区卫生健康委下属公益性事业单位，是全区重大及常见传染病、食品安全事故等突发公共卫生事件应急处置中心，全区疾病预防控制、检验检测、健康教育与健康促进、职业卫生、环境卫生等工作的技术指导中心，承担医疗卫生、公共卫生、传染病防治、职业健康等领域的监督执法工作，全区监督主体4298户，年均查办违法案件200余件。

中心位于南岸区茶园通江大道218号（西南国际健康城），建筑面积为1.23万平方米，行政执法办公地点位于南岸区南兴路230号（交通大厦第4、5层）。现有在职职工159人，其中专业技术人员121人，参公执法人员24 名（目前实行实名制专库管理），研究生及以上学历27人，高级职称15人，入选市级头雁人才2名，江南菁英人才计划2人，有川渝卫生健康执法、重庆市中医药监督执法、重庆市卫生健康高质量发展、重庆市公共场所和饮用水应急专家库成员各1名。获得6项国家新型实用专利，8项计算机软件专著权，获批市级重点学科2个、区级重点学科7个 ，区级公共卫生重点实验室1个，成功申报课题54项（省部级课题10个），论文发表100余篇（12篇SCI）位居全市区县疾控前列。目前设置19个科室，实验室现有液相质谱仪、气质联用仪、原子吸收光谱仪等大批与能力相匹配的仪器设备，总值超过5000万元，检测参数1247项，在全市区县疾控中名列前茅。

近五年荣获“全国卫生健康系统先进集体”“全国巾帼文明岗”“全国青年文明号”“抗击新冠肺炎疫情全国三八红旗手”“重庆五一劳动奖状”“市级党员突击队”“全市群众满意卫生机构”“市级文明单位”“市总工会职工技能竞赛团体一等奖”近四百项国家、市区级荣誉，其中卫生应急、预防接种等全市技能竞赛获得三次总分第一，查办的案件多次获评全国、全市优秀案例和典型案例，已连续八年获评全区先进单位，持续为保护人民健康、保障公共卫生安全、维护经济社会稳定提供坚强保障。