1、重庆地方动植物重要品种资源及引进特色资源的发掘、利用与良种创新基础研究：地方动植物重要品种和引进特色资源品种重要基因资源的收集、创新与利用研究；自主知识产权功能基因的转基因生物安全性评价研究；动植物生物工程育种与种质创新新方法的基础研究；动植物优质、高产、抗逆品种选育的基础理论和高新技术方法研究。

　　2、动植物的生长发育规律及其调控：动植物生长发育的生理生化机制和分子调控机理；主要动植物重要经济性状形成规律及调控机制研究；地方特色畜禽和水产品的营养代谢机理研究；动物毒素致毒致伤的分子病理机制研究。

　　3、主要农作物优质、高产、抗逆的生物学基础研究：环境胁迫下农作物生理生化变化、信号传导及其分子生物学基础；主要农作物高产栽培技术机理研究。

　　二、农产品质量安全与标准化生产

　　1、农作物主要病虫害发生机理和防治新途径研究：农作物病虫害发生规律和生物防治应用基础研究；杀虫防病工程菌的筛选、发酵工艺条件及工程菌制剂环境生态安全性评价；主要农作物致病毒素的分离、纯化与代谢机理。

　　2、土壤环境质量、养分转化与土壤资源可持续利用：防治土壤侵蚀与水土保持的应用基础研究；农作物耐营养胁迫机理；畜禽粪污及养殖废弃物对土壤环境的影响评估。

　　3、主要畜禽、水产重大疫病防治基础研究：疫病病原发病机理研究；畜禽、水产防治高效疫苗研究。

　　4、生态保护与环境污染控制研究：环境污染物的分子毒理学研究；环境污染过程及污染物转化机理及净化方法的应用基础研究；农产品有毒有害物质残留的发生与代谢机理研究；入侵外来有害生物的快速检测技术、生物学特性及防治机理研究。

　　三、农产品贮藏与加工

　　农产品贮藏加工基础研究：特色食品加工的相关基础研究；优势农产品及花卉的生物保鲜机理；农产品贮藏病虫害的研究与生物防治；香辛调味料功效成分的组成、结构与性质及定性和定量检测方法研究。

　　四、新材料

　　1、镁合金材料成份、组织与成形工艺相互关系研究：镁合金材料成份、组织与性能的相互关系及其演变规律；合金及微量元素的作用机制研究；成形工艺参数对合金组织和性能的影响规律研究。

　　2、特种玻璃纤维及其复合材料界面的研究：高强韧、耐酸、耐碱、耐水、耐热、耐候等特种玻璃纤维的成分设计与制造工艺研究；玻璃纤维增强复合材料的界面特性研究与表征；界面改性机理与技术研究；增韧增强机理与技术研究。

　　3、微量分析样品的微分离富集技术研究：微分离功能材料的合成、制备、结构表征和效能测试研究；高效微分离富集方式和机理研究；具有微分离富集特性的功能结构单元和器件研究，生化环境试样分离分析新方法研究。

　　4、绿色电子软钎焊料的研究：电子钎料表面原子的耦合添加剂及各添加剂的交互作用研究；液态钎料表面膜的生长行为研究；表面膜与表面张力、铅的挥发性和溶解性的关系研究；表面膜原子耦合体的组成和结构及新型绿色电子钎料制备工艺研究。

　　5、微乳液法制备纳米材料的机理研究：微乳液组成、结构和性质及其演变规律的研究；微乳液颗粒尺寸对纳米材料颗粒大小的影响、微乳液界面性质对纳米微粒的形成过程及纳米材料质量的影响、微乳液的相行为对纳米微粒成核、生长、聚结、团聚等过程的影响研究；微乳液法制备纳米材料过程中两种互不相溶溶剂的表面活性影响机理、乳液中固相析出及优化机理研究。

　　6、提高生物柴油品位及燃烧效能的基础研究：生物柴油改性技术研究；生物柴油对发动机燃烧系统、润滑系统影响的研究；生物柴油的燃烧、润滑性能及排放的影响因素研究；添加剂对提高生物柴油综合性能的影响机理。

　　7、化工新材料应用基础研究：天然气制合成气新技术、 天然气生产液体燃料、天然气生产烯烃、芳烃和含氧有机化学品的反应热力学与动力学、催化机理和反应机理研究；高分子材料和功能材料的制备、催化、成型及加工技术研究。

　　五、汽车摩托车

　　1、混合动力汽车的动力传动系统研究：并联式混合动力系统的系统结构设计、能量匹配与控制策略研究；动力传动系统速比调控规律研究；传动系统硬件在环和快速原型控制方法研究，混合动力传动试验系统的研究和试验验证；充、放电管理研究。

　　2、燃气发动机燃烧控制技术研究：燃气发动机进气系统、缸内可燃混合气形成的模型的建立；基于台架试验的可燃混合气燃烧过程与发动机热效率、燃气混合物组成的关系研究，燃气发动机进气系统与燃烧室的设计理论与方法研究，燃气发动机与整车匹配技术研究。

　　3、汽车动力传动试验系统安全预警系统研究：汽车动力传动试验系统的动力学与动态特性的软件分析，基于非线性动力学理论的系统模态参数、振动、冲击与噪声分析及状态监控，提出汽车动力传动试验系统预警方法与措施。

　　4、汽车碰撞试验中多参数闭环吸能系统的研究：多参数闭环吸能系统控制算法的优化；多参数闭环吸能系统的计算机模拟与仿真及碰撞试验验证研究。

　　5、汽车电磁兼容设计方法研究：汽车电气产品电磁辐射干扰和传导干扰的机理研究，提出汽车电磁兼容设计方法。

　　6、汽车底盘匹配技术研究：动力总成匹配技术研究；电控系统与整车动力总成及参数的匹配研究；悬架与操纵系统的匹配技术研究；汽车造型中的空气动力特性与底盘匹配技术研究；底盘匹配试验技术研究。

　　7、汽车发动机排放控制技术研究：排放系统现代设计技术研究；废气涡轮增压技术研究；排气再循环（EGR）技术研究；排放系统的空气动力学研究；发动机直喷技术研究；基于排放控制的发动机虚拟设计技术研究。

　　8、汽车CFD（计算流体力学）技术研究：汽车外流CFD技术研究；汽车侧风稳定性CFD技术研究；汽车内流CFD技术研究。

　　9、内燃机噪声控制技术研究：内燃机燃烧噪声和机械噪声的识别原理和快速分离技术研究；内燃机结构的低噪声设计技术研究；内燃机进气噪声的来源和形成机理研究；共振式进气消声器设计原则以及共振频率的快速精确估计原理研究；内燃机排气噪声的来源和形成机理研究；排气消声器性能的影响因素和影响规律研究。

　　六、电子信息

　　1、基于量子效应的微机械红外探测器基础研究：光－机械量子效应和微悬臂梁对光生应力的动态响应的基础理论研究，基于量子效应的室温微机械红外探测器理论模型建立；基于自由空间高斯光束理论的光学读出技术和微机械红外探测器的制备技术研究；基于量子效应的室温微机械红外探测系统原型系统实现。

　　2、制造企业信息化评价模型与评价方法研究：制造企业信息化评价指标体系的优化；制造企业信息化的分类方法，评价方法研究，评价模型建立，制造业信息化评价支持系统研究。

　　3、空间数据的分析理论研究：遥感影像数据的自动分割的理论及方法研究及建立数据模型；遥感图像边缘检测理论及方法研究及建立数据模型；遥感图像内部同物异谱、异物同谱的理论及方法研究及建立数据模型。

　　4、新型网络的分析模型及性能仿真研究：光互联网络的体系结构及性能分析模型；基于IPV6的互联网分析模型；支持服务质量（Q₀S）的模型及TCP性能分析；无线局域网和城域网的关键理论。

　　七、机械与电气

　　1、轴类零件的高精度形状误差检测方法研究：高精度轴类零件形状误差非接触式自动检测方法的研究；基于CCD或其它光电传感检测模型的建立；基于机器视觉技术的轴类零件形状误差检测分析方法的研究。

　　2、高精度多股螺旋弹簧新型设计理论及制造工艺研究：多股螺旋弹簧的动态参数设计模型的建立；基于多股螺旋弹簧三维实体模型的力学、变形、运动分析及仿真；多股螺旋弹簧动态参数设计方法和工作特性研究；缠制加工工艺的优化。

　　3、电能污染的检测、建模和治理的理论及方法研究：电力系统谐波电流、无功电流和电压闪变的检测理论及其方法；有源电力滤波器的建模与分析方法；有源电力滤波器的拓朴结构及其实现技术；有源电力滤波器的智能控制理论与实现。

　　4、风力涡轮机气动性能及控制策略研究：不同风速、风向等风场条件下立轴式和水平轴式风力涡轮的气动性能及其变化规律；风力涡轮运行过程的动态仿真建模；风力涡轮可控特性和控制策略研究；新型高效风力涡轮叶型整体优化设计。

　　5、基于光声光谱传感技术的变压器油中溶解气体在线监测理论及方法研究：高压电力变压器油中溶解气体（浓度在ppm级）的分离技术研究；变压器油中六种主要溶解气体的红外光声光谱特性研究；各组分气体浓度与相应光声信号强度的特性研究；多组分气体交叉影响的修正理论及方法；提高光声光谱在线监测方法的电磁兼容性能研究；提高光声光谱在线监测油中溶解气体的稳定性及可靠性方法研究。

　　6、大型电力变压器局部放电特高频检测的基础理论研究：研究局部放电特高频电磁波在变压器内部的传播机理；研究特高频检测的校准方法以及局部放电源定量技术和定位技术。研究变压器多局部放电源绝缘缺陷模型及信号传输特性。

　　7、现代制造环境下的新效率工程研究：现代制造环境下的信息化工作环境变化与知识工作模式研究；工业工程中的新效率工程，包括新效率工程的内涵、人的认知效率和知识工作效率研究；人-信息系统效率，包括人的个体与群体效率、信息系统效率理论和人-信息系统交互效率及系统评价；汽车、摩托车零部件产品创新开发设计中的知识工作效率管理与评价工具开发。

　　八、医疗卫生

　　1、严重创伤早期救治新方法研究：探讨创伤应激耐受能力的差异，构建筛选应激耐受能力检测标志；运用分子生物学和生物信息学方法，研究重要应激蛋白质与HSP90的作用关系；严重创伤早期救治和并发症防治新方法研究；严重创伤休克血管低反应性发生机制与防治研究。

　　2、干细胞应用基础研究：成体干细胞移植，干细胞分化机制，对新生细胞与成熟细胞的异同进行分析；研究移植新生细胞治疗疾病的作用机理，并开展干细胞移植评价方法研究。

　　3、医用超声波和激光医学动力学研究：医用超声波、激光医学动力学作用机理，临床治疗效率和防范其副作用的基础理论研究。

　　4、重要疾病防诊治应用基础研究：重要脏器功能衰竭发生机制及临床救治新技术；重要疾病资源库的建立与疾病相关基因、蛋白质功能和粘蛋白结构功能；肝炎病毒与宿主相互作用;重庆地区主要传染病、寄生虫病、地方病等疾病新防治方法。

　　5、重要疾病发生机制的研究：环境、遗传和社会心理因素在疾病发生中的综合作用以及细胞信号转导在疾病发生和发展中的作用;环境电磁辐射对神经细胞信号转导的影响与调控;视觉缺失或听觉缺失的发生机制；发作性神经疾病脑部差异基因表达库的建立和发病机制;探讨生殖健康与发育异常的关系；恶性肿瘤放化疗抗性发生机理及逆转策略研究。

　　6、组织器官移植研究：组织器官移植新技术；组织器官移植免疫耐受及其作用机制研究；大器官体外仿生保存技术与系统应用基础研究；体外重建人工红细胞应用基础研究。

　　九、生物医药

　　1、新化学药的基础研究：新的药用先导化合物的筛选与合成；具有药用价值的手性化合物的拆分和新手性化合物的合成；其它具有药用活性物质的应用基础研究。

　　2、生物工程药品及其新工艺研究：针对感染和炎症的多肽类新型抗菌或抗炎药；针对重大疾病的预防和治疗性新型疫苗；新型给药系统和作用新途径研究；靶向给药、缓释与控释技术；基于HMGB1的新型抗炎多肽类药物的研制等。

　　3、现代化中药应用基础研究：渝产道地优势中药材的优选培育；中药的药理作用机制及其物质基础的研究。

　　4、经典中药方理论基础研究：运用中医证候理论，研究经典中药方剂治法相关性，并建立现代医学疗效评价方法。

　　十、生态、环保与资源利用

　　1、生活垃圾循环流化床洁净燃烧机理与二次污染物控制特性研究：研究生活垃圾循环流化床燃烧过程的流动、传热特性；高温气化过程机理与控制方法；摸清洁净燃烧技术的关键参数；燃烧产物生成及二次污染物控制特性等。

　　2、可控声震法提高矿井煤层气抽放率的应用基础研究：研究含气煤岩结构及其物理化学、力学性质，研究声震法提高矿井煤层气抽放率的机理，研制可控声震发生器以及可控声震法的应用条件。

　　3、重庆都市圈生态系统健康评价及其调控途径研究：分析重庆都市圈生态系统健康特征及受威胁现状，研究都市圈生态系统健康的影响因子及影响机理，提出健康评价原则、方法，构建评价指标体系，提出调控途径与对策。

　　4、三峡库区水环境有毒污染物的迁移转化及其毒性机制研究：研究库区水环境污染毒理学过程及控制原理，三峡水库水体表面微层中化学参数及生物群落结构表征、有机污染物及其光化学降解和生物降解，污染物毒性产生机理、有毒污染物在水体多介质中的迁移转化与过程模拟及其与生物群落结构之间的相关性。

　　5、三峡库区消落带植物适应机理研究：研究三峡库区消落带植物类群的环境适应机理，尤其是季节性大落差水淹条件下库区消落带植物类群的生态适应性。寻求具有高抗逆性、高根系固着能力的植物物种，为三峡库区消落带库岸固定和植被恢复提供理论支撑。

　　6、污水厂污泥浓缩消化的相互促进机理研究：污泥浓缩消化一体化反应器中生物相、基质传输、转变机理及消化反应动力学研究。

　　7、水污染控制新型絮凝剂及其絮凝机理研究：研究生物絮凝剂活性菌种的培养及絮凝机理和制备工艺，具有捕集重金属、除藻类物质和处理垃圾渗漏液功能的复合絮凝剂及其絮凝的作用机理。

　　8、典型次级河流域农业面源污染规律及控制措施研究：调研典型次级河流域农业面源污染、研究农业面源污染基本规律及预测污染的负荷量、研究面源污染危险区域的识别以及建立农业面源污染防治预警预报信息系统。

　　9、三峡库区气候变化研究：防灾减灾，合理利用三峡气候资源。

　　十一、交通

　　1、实时动态交通流模型研究：基于时空交通路网的实时动态交通流模型及算法；动态路网通行能力与动态路网交通流实时交互机理分析方法；实时动态路网交通流模拟和预测技术。基于时空路网的实时动态路径诱导原则，方法及模型；基于时空路网的动态交通流实时自适应联合控制策图，方法及模型；基于时空路网的实时动态交通流诱导与控制的组合模型与算法。

　　2、城市交通路网拥堵动态预警与疏导决策技术研究：基于时空交通路网拥堵的动态预警与疏导模型；城市交通路网各类拥堵模式成因与机理分析；各类拥堵模式快速识别，预警和疏导的策略，方法与措施。
　　3、基于高强度FRP片材料的波形齿夹具锚锚固系统基础研究：研究波形齿夹具锚夹持和锚固高强度FRP片材的力学机理；波形夹具锚的表面力学和摩擦学基础；高强度FRP材料锚固力学统一理论；体外锚固FRP加固结构的抗剥离失效的力学分析。

　　十二、岩土与土木建筑工程

　　1、库区地质滑坡产生机理及其防治技术研究：研究库区滑坡，尤其是复杂地质条件下的滑坡产生机理；利用面向对象技术，建立滑动面数学模型和坡体参数演化模型；通过在高切坡内埋设特殊的智能形变传感器，及时对数据进行分析处理和定量评估；研究防治工程的长短桩基处理技术；研究库区蓄水运行期间的边坡加固与整治技术。

　　2、城市管网安全技术研究：重庆市城市排水管道、给水管网和燃气管网的安全保障技术和预警以及应急系统的设计与研究。

　　3、瓦斯灾害治理技术研究：研究预测预报矿井深部瓦斯突出技术、矿井突出潜在危险区物探法预测技术、矿井声发射预测预报突出技术研究、矿井综合防突技术研究。